Ο μικρός μονόχωρος Ναός του Αγίου Νικήτα είναι κτισμένος πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής, το ψηφιδωτό δάπεδο της οποίας, καθώς και κάποιοι τοίχοι διατηρούνται γύρω από το ναό. Η βασιλική χρονολογείται στο δεύτερο μισό του 6ου αιώνα, περίοδο ακμής της περιοχής των νότιων παραλίων του νησιού. Ο Ναός εγκαταλείφθηκε και παρήκμασε σταδιακά γύρω στα μέσα του 7ου αιώνα, εποχή κατά την οποία ξεκίνησαν οι αραβικές επιδρομές.

Αρχιτεκτονικά μέλη από τη βασιλική χρησιμοποιήθηκαν για την οικοδόμηση του φρουρίου. Η βασιλική του Αγίου Νικήτα είναι τρίκλιτη και απολήγει ανατολικά σε ημικυκλική αψίδα και νότια σε νάρθηκα. Το ανατολικό τμήμα του νότιου κλίτους δεν έχει ανασκαφεί, ενώ ένα μεγάλο τμήμα του έχει καταστραφεί. Το ιερό βήμα καταλαμβάνει το ανατολικό τμήμα του μεσαίου κλίτους.

Το δάπεδο της βασιλικής καλυπτόταν από ψηφιδωτό, το οποίο διατηρείται στο μεγαλύτερο μέρος του σε πολύ καλή κατάσταση. Κυριαρχεί ο γεωμετρικός διάκοσμος, αλλά και παραστάσεις με ζώα, όπως η παράσταση του τράγου ανάμεσα σε βλαστούς στο βόρειο κλίτος. Τα σχέδια του δαπέδου της βασιλικής του Αγίου Νικήτα συνθέτουν ένα ενδιαφέρον σύνολο που διαφοροποιείται από την καθιερωμένη παράσταση των ψηφιδωτών της Κρήτης, το οποίο όμως τεχνοτροπικά δεν ξεφεύγει από τα επαρχιακά έργα των μέσων του 6ου αιώνα.

Στο χώρο του ιερού βήματος της βασιλικής βρίσκεται ο μονόχωρος Ναός του Αγίου Νικήτα, χτισμένος με αρχιτεκτονικά μέλη από τη βασιλική, όπως οι δύο μαρμάρινοι κίονες που έχουν εντοιχιστεί στο μέσο των πλάγιων τοίχων. Ως δάπεδο του ναού χρησιμοποιήθηκε το αρχικό ψηφιδωτό. Ο Ναός έφερε τοιχογραφικό διάκοσμο, ο οποίος σήμερα κατά το μεγαλύτερο μέρος του είναι καλυμμένος ή εντελώς κατεστραμμένος. Μπορεί όμως κάποιος να διακρίνει ίχνη από την Κοίμηση της Θεοτόκου στο βόρειο τοίχο και την Ανάληψη στην καμάρα του Ιερού. Σύμφωνα με τις τοιχογραφίες, ο ναός χρονολογείται το δεύτερο μισό του 13ου αιώνα.