Στο κέντρο της πόλης του Αγίου Νικολάου, κοντά στη θάλασσα, βρίσκεται ο ιδιαίτερα επιμήκης ναός της Παναγίας Βρεφοτρόφου, αποτέλεσμα των διαδοχικών επεκτάσεών του προς τα δυτικά. Ο ναός ήταν αρχικά μονόχωρος καμαροσκέπαστος με δίρριχτη στέγη. Στο εσωτερικό φέρει τοιχογραφίες σε δύο στρώματα, εκ των οποίων το παλαιότερο χρονολογείται στις αρχές του 14ου αιώνα και εντοπίζεται κυρίως στο ανατολικό τμήμα με σκηνές από τη ζωή του Χριστού και της Παναγίας. Το δεύτερο στρώμα χρονολογείται στα τέλη του 14ου αιώνα και βρίσκεται στην καμάρα του δυτικότερου τμήματος του ναού.

Η τελευταία επέκταση του ναού προς τα δυτικά αποτελεί ένα είδος νάρθηκα χωρίς τοιχογραφίες αλλά με ένα ταφικό μνημείο-αρκοσόλιο στον βόρειο τοίχο. Σύμφωνα με την επιγραφή χρονολογείται το 1602 και ανήκει στον νεαρό ευγενή Λαυρέντιο Μαλιπέτρο, γιο του Καστελάνου της πόλης του Ηρακλείου.