Ο όρμος του Καθολικού, 2 χλμ. δυτικότερα της πόλης του Αγίου Νικολάου, υπήρξε για αιώνες κύριο λιμάνι της περιοχής. Και είναι ο μικρός μονόχωρος ναός του Αγίου Νικολάου, προστάτη των ναυτικών, που χτίστηκε εδώ τον 8ο αιώνα αυτός που έδωσε στην πόλη το όνομά της. Μάλιστα, στους βενετσιάνικους χάρτες η τοποθεσία σημειώνεται ως Porto di San Nicolo.

Από τα λιγοστά δείγματα πρωτοβυζαντινής αρχιτεκτονικής στην Κρήτη, ο ναός θεωρείται από τους παλαιότερους του νησιού. Στο εσωτερικό του, φέρει τοιχογραφίες σε δυο στρώματα. Το πρώτο είναι ανεικονικό με φυτικά και γεωμετρικά μοτίβα, όπως ρόμβους και ρόδακες, και τοποθετείται ενδεχομένως στην περίοδο της εικονομαχίας (726-787 μ.Χ.). Το δεύτερο στρώμα χρονολογείται τον 14ο αιώνα και διασώζει τμηματικά τον Παντοκράτορα, τον Ιωακείμ και την Άννα και την Ανάληψη.