Σε απόσταση 32 χλμ., νοτιοανατολικά του Ρεθύμνου, στην εύφορη κοιλάδα του Αμαρίου, ανάμεσα στο Όρος Κέδρος και τον Ψηλορείτη.

Το Μοναστήρι ιδρύθηκε κατά τη Βυζαντινή περίοδο, πιθανόν το 10ο αιώνα. Επί ενετοκρατίας συνδέθηκε με την αρχοντική οικογένεια Βαρούχα. Είναι αφιερωμένο στη Σύναξη των Αρχαγγέλων και γιορτάζει στις 8 Νοεμβρίου.

Κατά την κατάληψη της Κρήτης από τους Οθωμανούς, η Μονή Ασωμάτων πυρπολήθηκε, αλλά ξαναχτίστηκε. Τον 18ο αιώνα υπήρξε η έδρα της επισκοπής Λάμπης, μιας από τις αρχαιότερες επισκοπές στην περιοχή του Ρεθύμνου. Κατά τη διάρκεια της Επανάστασης του 1821 εγκαταλείφθηκε, αλλά ανασυγκροτήθηκε σχεδόν αμέσως, γνωρίζοντας μεγάλη ακμή τα επόμενα χρόνια.

Αρχικά η μονή ήταν φρουριακού τύπου και περιβαλλόταν από ισχυρό τείχος, το οποίο κατεδαφίστηκε για τις ανάγκες της Γεωργικής Σχολής. Στο μέσον του περιβόλου βρίσκεται το καθολικό, που ιδρύθηκε τον 14ο αιώνα πάνω σε ερείπια του 10ου αιώνα ως μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός. Ανακατασκευάστηκε τον 20ό αιώνα ως σταυροειδής με τρούλο. Στο δάπεδο του Ναού έχουν εντοπιστεί μετά από ανασκαφές έξι τάφοι και χάλκινοι σταυροί λιτανείας που χρονολογούνται τον 10ο αιώνα.

Από τα υπόλοιπα κτίρια της Μονής, τα παλαιότερα ανήκουν στον 17ο αι. ενώ τα υπόλοιπα στον 19ο και 20ο αι.  Στο Ιστορικό Μουσείο Κρήτης, στο Ηράκλειο, βρίσκονται πολλά χρυσοκέντητα άμφια της Μονής Αμαρίου που υποδηλώνουν ότι στους χώρους του πιθανόν λειτουργούσε εργαστήριο χρυσοκεντητικής.

Το 1927 η μονή στέγασε τη Γεωργική Σχολή Αμαρίου και έτσι σταμάτησε να λειτουργεί ως μοναστήρι. Τότε κατασκευάστηκαν πολλά κτίρια για την εξυπηρέτηση των αναγκών της σχολής, με αποτέλεσμα το Μοναστήρι να χάσει τον αρχικό του χαρακτήρα. Η σχολή, ωστόσο, αποτέλεσε ένα από τα σημαντικότερα ερευνητικά ιδρύματα της Κρήτης. Πλήθος κόσμου την επισκεπτόταν για να θαυμάσει τους όμορφους κήπους και τα σιντριβάνια της. Σήμερα η Μονή έχει επανιδρυθεί και γίνονται προσπάθειες αποκατάστασής της.