Ήταν το Πάσχα του 1826, όταν οι χριστιανοί πιστοί βρίσκονταν στον μικρό ναό του Αγίου Μηνά και της Υπαπαντής -μητρόπολη τότε του Ηρακλείου- και παρακολουθούσαν τη λειτουργία, ενώ όχλος μουσουλμάνων είχε συγκεντρωθεί απέξω και προετοίμαζε σφαγή εναντίον τους. Τότε ένας αξιωματικός καβαλάρης εμφανίστηκε μπροστά τους και τους απέτρεψε. Οι μουσουλμάνοι θεώρησαν ότι ήταν το πρωτοπαλίκαρό τους, ο Αγιάν Αγάς, αλλά οι χριστιανοί πίστεψαν ότι εμφανίστηκε ο ίδιος ο Άγιος Μηνάς. Έκτοτε, ο Άγιος Μηνάς απεικονίζεται ως έφιππος Ρωμαίος στρατηγός και έγινε προστάτης της πόλης του Ηρακλείου.

Έτσι, στον Άγιο Μηνά αφιερώθηκε ο μεγάλος ομώνυμος ναός και μητροπολιτικός του Ηρακλείου, από τους επιβλητικότερους της Ελλάδας, ο οποίος ξεκίνησε να χτίζεται το 1862 δίπλα από τον προϋπάρχοντα ναό του Αγίου Μηνά και της Υπαπαντής και ολοκληρώθηκε το 1895. Ο αρχιτεκτονικός του τύπος συνδυάζει χαρακτηριστικά σταυροειδή εγγεγραμένου με τρούλο και τρίκλιτης βασιλικής, ενώ έχει υπερώα και δυο κωδωνοστάσια ύψους 33 μ. Για την κατασκευή του δώρισαν χρήματα μοναστήρια της περιοχής, εκατοντάδες χριστιανοί αλλά και ο ίδιος ο σουλτάνος Αμπντούλ Αζίζ Χαν, ο οποίος έστειλε 40.000 γρόσια.

Στο εσωτερικό του Ναού, το τέμπλο και ο επισκοπικός θρόνος είναι κατασκευασμένα από λευκό και πράσινο τηνιακό μάρμαρο σε σχέδια του σπουδαίου αρχιτέκτονα και αρχαιολόγου Αναστάσιου Ορλάνδου. Ο Ναός φέρει τοιχογραφίες που φιλοτέχνησε ο Σ. Καρτάκης το 1960. Στη βόρεια πλευρά του βρίσκεται ακόμα μια βόμβα που έπεσε δίπλα στην εκκλησία κατά τον βομβαρδισμό του Ηρακλείου από τους Γερμανούς, η οποία, ωστόσο δεν εξερράγη, γεγονός που αποδόθηκε σε θαύμα του Άγιου Μηνά.

Ο παλαιός ή μικρός ναός του Αγίου Μηνά και της Υπαπαντής βρίσκεται νοτιοανατολικά του μητροπολιτικού.  Είναι δίκλιτος και η ίδρυσή του ανάγεται στην περίοδο της ενετοκρατίας. Ο ναός είχε εγκαταλειφθεί για καιρό και ανακατασκευάστηκε το 1735. Στο εσωτερικό του φέρει δυο επίχρυσα ξυλόγλυπτα τέμπλα και σημαντικές φορητές εικόνες του 18ου και του 19ου αιώνα. Η ιστορία του έχει συνδεθεί με τα γεγονότα του Ιούνιου του 1821, όταν οι Οθωμανοί σφάγιασαν μέσα στην εκκλησία τον μητροπολίτη Γεράσιμο Παρδάλη, καθώς και όλους τους παρευρισκόμενους, οι οποίοι αγιοποιήθηκαν ως νεομάρτυρες.