Κι όμως, είναι ο τρίτος κατά σειρά ναός που χτίστηκε στην ίδια θέση. Ο λόγος για τον μητροπολιτικό ναό του Ρεθύμνου, γνωστό και ως «Μεγάλη Παναγιά», που βρίσκεται στην παλιά πόλη και είναι αφιερωμένος στα Εισόδια της Θεοτόκου. Ο πρώτος ναός ιδρύθηκε επί ενετοκρατίας. Επί τουρκοκρατίας λειτουργούσε και ως καθεδρικός, καθώς ήταν ο μοναδικός της πόλης που είχε παραχωρηθεί στους χριστιανούς για τη λατρεία τους. Το 1844 ανοικοδομήθηκε νέος ναός, ξυλόστεγη τρίκλιτη βασιλική, αφιερωμένη στην Παναγία, τους Τρεις Ιεράρχες και τους Αγίους Αποστόλους, η οποία όμως βομβαρδίστηκε από τους Γερμανούς κατά το Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο. Ο σύγχρονος ναός ανεγέρθηκε μεταπολεμικά, στα πρότυπα της Παναγίας της Τήνου.

Στη νοτιοδυτική γωνία του υψώνεται πυργόσχημο καμπαναριό, που κατασκευάστηκε το 1899 σε απάντηση του ψηλού μιναρέ που ύψωσαν οι μουσουλμάνοι στο γειτονικό Νερατζέ τζαμί. Χρήματα για την ανοικοδόμηση του καμπαναριού προσέφεραν οι έμποροι κρασιού της πόλης. Όσο για την καμπάνα του, ήταν τόσο μεγάλη που έσπασε στην προσπάθεια να τοποθετηθεί στο καμπαναριό. Έτσι αποφασίστηκε να σταλεί στη Βενετία και να κατασκευαστούν οκτώ μικρότερες καμπάνες από το ίδιο μέταλλο.