Κανείς δεν διασχίζει την πλατεία της Σπλάντζιας, χωρίς να στρέψει το βλέμμα με συγκίνηση και δέος στον Άγιο Νικόλαο. Το ιδιαίτερο αυτό θρησκευτικό μνημείο της πόλης των Χανίων, που υπήρξε καθολικός ναός, τζαμί και μετέπειτα ορθόδοξη εκκλησία (όπως μαρτυρά η παρουσία καμπαναριού και μιναρέ),  αντικατοπτρίζει την ίδια την ιστορία του νησιού από το οποίο πέρασαν πολυάριθμοι κατακτητές.

Κτίστηκε γύρω στο 1320 και αποτελούσε το καθολικό της μονής των Δομινικανών μοναχών. Ήταν ξυλόστεγη βασιλική με εγκάρσιο κλίτος και δυο παρεκκλήσια. Σύμφωνα με μαρτυρίες, στο εσωτερικό του ναού υπήρχε και εκκλησιαστικό όργανο. Επί τουρκοκρατίας ο ναός μετατράπηκε στο κεντρικό τέμενος της πόλης των Χανίων (Χιουνκιάρ τζαμισί, δηλαδή το τζαμί του ηγεμόνα). Τότε στη νοτιοδυτική γωνία του προστέθηκε μιναρές ύψους 40 μ. με δύο εξώστες, ο οποίος ήταν και ο ψηλότερος στην πόλη.

Με την αποχώρηση των Τούρκων ο ναός έγινε και πάλι χριστιανικός, αυτή τη φορά ορθόδοξος, και αφιερώθηκε στον Άγιο Νικόλαο. Τότε προστέθηκε και η μεγάλη ημικυλινδρική αψίδα στην ανατολική πλευρά του κτιρίου. Το 1950 η ξύλινη στέγη αντικαταστάθηκε από τσιμεντένια, ενώ προστέθηκε το καμπαναριό.